MEI bietet durch die präzise ausgearbeiteten Guidelines eine Vielzahl an Elementen und Attributen zur exakten Codierung von musikalischen Phänomenen. Trotzdem wurden die Möglichkeiten rund um MEI im Zuge dieses Projekts getestet und ausgebaut, um vor allem für die automatisierte Harmonieanalyse und die philologischen Kommentare genaue Beschreibung in Form von Auszeichnungen („Markups“) zu ermöglichen. Das Regelwerk der MEI-Codierung, das sogenannte MEI-Schema, wurde also dahingehend erweitert, dass Analyseergebnisse in die Ausgangsdaten zurückgeführt werden können, aber auch die korrekte Anzeige des Notentexts und der Annotationen gewährleistet ist. Die Zusammenarbeit mit dem Entwickler von Verovio, Laurent Pugin, führte zu neuen Darstellungsoptionen und zur Anzeige bisher noch nicht unterstützter MEI-Elemente.
Bei der Codierung eines komplexen Manuskripts wie dem Kitzler-Studienbuch mussten einige Kompromisse eingegangen werden. Schwierigkeiten zeigten sich bei der Darstellung und Auflösung des Faulenzer-Zeichens oder von zu wiederholenden Abschnitten in lesbaren Notentext, der für die Harmonieanalyse natürlich essentiell ist. Auch das Auszeichnen der von Bruckner verwendeten Korrektur-Methoden (Rasuren, Streichungen, Überschreibungen, Tilgungen und Ergänzungen), die aufgrund des Charakters des Materials einen hohen Anteil an der Projektarbeit einnahmen, stieß insofern an seine Grenzen, da die Anzeige von mehreren Schreibschichten im Rendering – trotz einer richtigen Codierung – auf keine befriedigende Weise zu bewerkstelligen war. Durch diese technischen Rahmenbedingungen wurde auf eine Anzeige des Entstehungsprozesses der Kompositionen verzichtet und stattdessen in der Codierung eine Unterscheidung zwischen gelöschtem und ergänzten Material vorgenommen.
Da sich die meisten der Studien im Zustand von Skizzen oder Entwürfen befinden, kümmerte sich Bruckner oft wenig um ein korrektes, gut lesbares Notenbild. Von ihm gesetzte Notenköpfe ohne Hälse beispielsweise, besitzen teilweise keine eindeutige Notenlänge. Die Dauer muss demnach durch die Position im Takt und durch die Anordnung in Relation zu anderen Noten erschlossen und ergänzt werden. Eine Normalisierung und Angleichung bestimmter Eigenheiten, wie Tonlängen und fehlende Akzidenzien, wurde beim Edieren vorgenommen, um ein gewisses Maß der Lesbarkeit garantieren zu können.
